Der genetische Befund ::

Was sagt der genetische Befund aus?

Der Gentest

Gentests dienen dem Nachweis von Veränderungen an Chromosomen, Genen oder Proteinen.
Die Ergebnisse können bestätigen oder ausschließen, dass das medizinische Problem einer Person durch ein fehlerhaftes Gen verursacht wird.
Bestehende Technologien haben sich in den letzten Jahren zu neuen Möglichkeiten in der Humangenomforschung entwickelt.
Die neuen Methoden werden unter dem Begriff Next Generation Sequencing (NGS) zusammengefasst.
Diese beinhalten z. B.

Multi-Panel-Sequenzierung

Exom-Sequenzierungen

Genom-Sequenzierungen

Jedes Gewebe, das kernhaltige Zellen mit der DNA enthält, kann zur Bestimmung einer Mutation verwendet werden - zum Beispiel Blut, Sperma, Haar, Knochen, Haut oder Speichel.
Bei der Untersuchung eines einzelnen Gens, einer Gruppe von Genen oder des gesamten Genoms wird die DNA-Sequenz des Kindes mit einer Referenzsequenz verglichen, um festzustellen, ob es Unterschiede gibt.
Eine Referenzsequenz (auch Wildtyp genannt) ist eine DNA-Sequenz, die nicht mit einer Krankheit in Verbindung gebracht wird. Jeder Unterschied in der DNA-Sequenz des Kindes im Vergleich zur Referenzsequenz wird als Variante bezeichnet.

Die Technologien

Es werden verschiedene Technologien verwendet:

Ein chromosomaler Mikroarray weist fehlende oder zusätzliche Teile eines Chromosoms nach, die das STXBP1-Gen enthalten. Deletionen oder Duplikationen können in der Regel nur mit einem Microarray diagnostiziert werden, bei dem die DNA auf zusätzliche oder fehlende Teile untersucht wird.

Ein Gen-Panel kann 10 bis 1000 Gene auf einmal testen und findet Unterschiede in der Codesequenz des STXBP1-Gens. Bei einem Epilepsie-Panel wird die DNA des Kindes in der Regel mit mehr als 150 Genen verglichen, die mit der Verursachung von Epilepsie oder Krampfanfällen in Verbindung gebracht wurden.

Bei ganzen Exom-Sequenzen werden Exons von 20000 Genen gleichzeitig getestet. Üblich ist auch die Durchführung einer vollständigen Exom-Sequenzierung, bei der alle Gene des Kindes getestet werden, um sicherzustellen, dass es keine anderen potenziellen Gene gibt, die die Symptome des Kindes verursachen könnten.

Bei der Trio-Exom-Analyse wird die vollständige Exomsequenzierung eines Kindes und beider Elternteile durchgeführt. Die Ergebnisse werden anschließend miteinander verglichen. So können vererbte Varianten von Neumutationen abgegrenzt werden.

Bei der Exomsequenzierung werden nur 1-2 % des gesamten menschlichen Erbguts analysiert, dagegen wird bei der Genomsequenzierung das gesamte Genom, also auch die restlichen 98-99 % des Erbguts sequenziert.

Die Isoformen des STXBP1-Gens

Es gibt zwei Isoformen des STXBP1-Gens:

Die erste Isoform enthält 20 Exons, die für 603 Aminosäuren kodieren. Hier ist Exon 20 kein kodierendes Exon. Die Referenzsequenz wird mit "NM_003165" bezeichnet.

Der anderen Isoform, die für 594 Aminosäuren kodiert, fehlt das Exon 19, aber Exon 20 kodiert das C-terminale Ende des Proteins. Diese Referenzsequenz wird mit "NM_001032221" bezeichnet.

In einem genetischen Bericht wird die Referenzsequenz oft in Form eines alphanumerischen Codes wie NM_003165.6 oder auch NM_003165.3, der Zahl 6 oder 3 (auch eine andere ist möglich) verwendet. Dies liegt daran, dass die Ergebnisse der genetischen Sequenzierung eines Gens in GenBank (DNA-Sequenzdatenbank) als Teilsequenzen eingereicht werden können, die im Laufe der Zeit von verschiedenen Forschern identifiziert wurden.

Was steht in einem Gentestbericht?

In dem Gentestbericht werden einzelne Varianten, die durch Gentests in der DNA eines Kindes gefunden werden, beschrieben.
Im Falle der STXBP1-Krankheit würde ein Gentest eine "pathogene Variante" (pathogen=krankheitsverursachend) oder "Mutation im STXBP1-Gen" nachweisen.
Die Arten von Varianten (Mutationen), die in einem Gentestbericht angegeben werden, werden mit einer Art Kurzschrift (einem alphanumerischen Code) beschrieben, die die Veränderung in der DNA-Sequenz und die entsprechende Veränderung im Protein, aus dem das Gen besteht, beschreibt.
Hier einige Beispiele dieser Kurzschriften in Bildern erklärt: