Prediction Tool für Missense Mutationen
Vorhersageinstrumente für Missense-Varianten sind probabilistisch und kontextabhängig und sollten zusammen mit anderen Erkenntnissen interpretiert werden.
Vorhersagen bewerten die Auswirkungen auf Funktion, Struktur oder Stabilität, sind jedoch nicht endgültig. Auf der ESCO-Website gibt es ein Vorhersageinstrument, das nur für Missense-Mutationen verwendet werden kann, da zur Vorhersage der Schwere einer Mutation ein Protein in voller Länge erforderlich ist.
PRESR ist ein auf maschinellem Lernen basierender Prädiktor für die Pathogenität von Missense-Varianten unter Verwendung einer Vielzahl von Merkmalen, die aus Sequenzen und 3D-Strukturen abgeleitet wurden.
Um die Daten eingeben zu können, braucht man den Code für die Aminosäuren:
Aminosäuren mit Abkürzungen und Code:
| Aminosäure |
Abkürzung Aminisäure |
Code |
| Arginine |
Arg |
R |
| Asparagine |
Asn |
N |
| Aspartic acid |
Asp |
D |
| Cysteine |
Cys |
C |
| Glutamic acid |
Glu |
E |
| Glutamine |
Gln |
Q |
| Glycine |
Gly |
G |
| Histidine |
His |
H |
| Isoleucine |
Ile |
I |
| Leucine |
Leu |
L |
| Lysine |
Lys |
K |
| Methionine |
Met |
M |
| Phenylalanine |
Phe |
F |
| Proline |
Pro |
P |
| Serine |
Ser |
S |
| Threonine |
Thr |
T |
| Tryptophan |
Trp |
W |
| Tyrosine |
Tyr |
Y |
| Valine |
Val |
V |
Link zum Prediction Tool:
PRESR Tool
Beispiel genetischer Befund:
c.548T>G; p.Leu183Arg (nicht personenbezogene Angabe!)
Die Angabe c.548T>G; p.Leu183Arg beschreibt eine genetische Variation auf zwei Ebenen:
1) DNA-Ebene (kodierend): c.548T>G
- Die Bezeichnung c steht für die cDNA Kodierungsebene (zytogenetische Nummerierung der cDNA).
- Die Zahl 548 gibt die Position des Nukleotids in der kodierenden Sequenz an.
- T>G bedeutet, dass an dieser Position das ursprüngliche Thymin (T) durch Guanin (G) (Nukleotiden) ersetzt wurde. Dieser Austausch wird als Missense-Mutation bezeichnet, da er zu einer Veränderung der Aminosäure führt.
2) Proteinebene (Aminosäuren): p.Leu183Arg
- Die Bezeichnung p. steht für die Proteinebene.
- Leu183Arg bedeutet, dass an der Position 183 der Aminosäure Leucin (Leu) durch Arginin (Arg)) ersetzt wurde.
- Das ist eine Missense-Mutation, die die Sequenz des Proteins verändert und potenziell dessen Struktur und Funktion beeinflussen kann.
Nach der Code Tabelle, siehe oben, ist
p.Leu183Arg dasselbe wie p.L183R.
L183R wird beim Prediction Tool benutzt.
Credit Grafiken adapted from: shiny.russellab.org/munc18-1/webApp/
Was bedeutet das Ergebniss PROB?
Die PRESR prognostizierte Wahrscheinlichkeit ist, dass es sich um eine Krankheitsvariante handelt, weil der Wert Variant R 1.0 höher ist als 0.5.
Ein Wert <0.5 ist neutral und wird nicht als krankheitsverursachend prognostiziert.
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